Musim kedua NieR:Automata Ver1.1a . Tahun 11954. Prajurit YoRHa 2B dan 9S baru saja dikirim ke Bumi untuk melaksanakan dan mendukung Operasi Turun ke-243. Di sana, mereka berhasil menghancurkan unit inti makhluk hidup mesin, Adam dan Hawa. Dengan pemusnahan musuh-musuh ini, Pasukan Kemanusiaan mengambil kesempatan ini untuk mengakhiri perang yang berlangsung lama ini dan memutuskan untuk melakukan serangan habis-habisan terhadap makhluk hidup mesin. Ini adalah rekaman pertempuran dan harapan Android serta takdir yang menentukan mereka semua… Saat perang berkecamuk, Unit 2B dan yang lainnya seperti dia mempertanyakan peran mereka. Merebut kembali planet ini akan membutuhkan pengorbanan, tetapi seberapa banyak lagi yang dapat mereka berikan dan apakah manusia sepadan dengan biayanya?