Misi 100 Tahun: sebuah misi yang begitu menantang dan berbahaya sehingga tetap tidak tercapai selama lebih dari satu abad. Meskipun banyak penyihir telah mencoba untuk mengambil tantangan yang berat ini, hasilnya selalu berakhir dengan kekalahan besar atau lebih buruk lagi. Namun demikian, Natsu Dragneel dan teman-temannya—Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet, dan Wendy Marvell, bersama dengan Exceed Happy dan Charle—dengan ambisi besar memulai misi tersebut. Setahun setelah guild Fairy Tail berhasil mengalahkan kekuatan jahat Acnologia dan Zeref, Natsu dan timnya melakukan perjalanan ke benua utara Guiltina, di mana mereka mencari pemberi misi 100 Tahun dan menerima tugas yang hampir mustahil: menyegel Lima Dewa Naga—sekelompok individu dengan kekuatan luar biasa yang, jika dibiarkan, dapat menyebabkan kehancuran global. Sementara itu, seorang anggota baru yang bersemangat bernama Touka direkrut ke Fairy Tail. Meskipun energi ceria dan sifatnya yang penuh semangat membuatnya cocok untuk guild, sepertinya ada lebih banyak hal tentang dirinya yang tidak terlihat di permukaan. Dengan tekad untuk menyelesaikan misi yang tampaknya tak teratasi, Natsu dan teman-temannya memulai pencarian berbahaya mereka untuk menemukan Dewa Naga. Namun, setelah menghadapi guild gelap baru bernama Diabolos, serta terungkapnya sifat sebenarnya dari anggota baru Fairy Tail, Natsu dan timnya akan menyadari bahwa Misi 100 Tahun bukanlah satu-satunya tantangan yang harus mereka hadapi.